Los conductores que se dirijan a Logroño por la carretera N-232 pueden llevarse una impresión equivocada de Agoncillo: poco más que una hilera de casas a ambos lados de la calzada. Al este existe un gran polígono empresarial, al oeste un pequeño aeropuerto, antigua base militar, y al sur discurre la autopista Vasco-Aragonesa. Parece un municipio industrial, en suma, antesala de la capital de La Rioja, que se encuentra a solo ocho minutos de distancia.
Por eso sorprende adentrarse en el núcleo urbano y descubrir una auténtica plaza de pueblo, presidida por un castillo medieval y una iglesia de piedra de sillería, invisibles e inimaginables desde la carretera.
La iglesia de Santa María la Blanca data del siglo XVI, aunque las capillas y la torre son del XVIII. Esta torre está ligeramente inclinada y da la impresión de que se desgaja del edificio principal, al que se encuentra adosada, como si fuera a caerse. En el interior destaca el retablo mayor, del XVI. El templo fue declarado monumento nacional en 1982.
El castillo de Aguas Mansas o Aguas Muertas, declarado monumento nacional en 1983 y cuidadosamente restaurado unos años más tarde, fue construido entre los siglos XIII y XV y en la actualidad presenta un excelente aspecto exterior, tras ser rehabilitado como sede de varias dependencias municipales. Estuvo provisto de un foso con agua, del que pudo derivar su nombre. Es una de las principales fortalezas de La Rioja.
El centro de la localidad no tiene otros puntos de interés, salvo la breve calle Portales, que arranca de la Plaza del Castillo y luce un escudo en uno de sus edificios porticados. En cambio, el polígono industrial de El Sequero, situado junto a la carretera, alberga el Museo Würth La Rioja, el centro de arte más destacado de la comunidad autónoma, especializado en pintura y escultura contemporáneas.
Por lo que respecta a la viticultura, Agoncillo reúne unas 160 hectáreas de viñedo y pertenece a la Rioja Oriental, aunque se encuentra en una zona que muchos riojanos denominan Rioja Media, a mitad de camino entre la Rioja Alta y los municipios del este de la comunidad autónoma.